2003年：非典型性肺炎暴露出中国公共卫生体系的薄弱环节，学术界开始反思1997年的医疗卫生体制改革。

　　2005年：国务院发展研究中心报告称中国医疗卫生体制改革“从总体上讲是不成功的”，引起强烈反响。

　　2006年：6月，国务院筹划启动新一轮医改；9月，16个部委组成的医改协调小组成立；10月，胡锦涛总书记在中共中央政治局第三十五次集体学习时强调建设覆盖城乡居民的基本卫生保健制度，强化政府责任。

　　2007年：医改协调小组委托包括北京大学、世界卫生组织等在内的多家海内外机构提交、讨论医改方案。

　　2008年：温家宝总理在4月与9月两次主持召开深化医药卫生体制改革工作座谈会，向社会征求意见；10月，《关于深化医药卫生体制改革的意见(征求意见稿)》面向全社会征求意见，共收到反馈意见3.5万余条。

　　2009年：1月21日，国务院常务会议通过《关于深化医药卫生体制改革的意见》和《2009～2011年深化医药卫生体制改革实施方案》，新一轮医改方案正式出台。