陈水扁主政时，台当局爆发“金援外交”重大弊案。2006年间，为拉拢某南太平洋国家，透过“密使”新加坡籍人士吴思材、台湾商人金纪玖，允诺支付三千万美金、折合新台币十亿元，作为技术援助经费，并汇给吴思材设于新加坡银行账户，但事后这笔“庆宁项目”的机密经费却疑遭两名“密使”侵吞。

　　岛内检方特侦组发现，这笔由台“外交部”汇出的三千万美元款项，是由“行政院副院长”邱义仁直接指示汇款。金纪玖并没有“外交”人员身份，并曾在一起官商勾结弊案中因涉及不法。而吴思材的政商关系良好，与台当局派驻中南美洲官员熟识，

　　检方于2008年4月25日发出拘票拘提吴思材、金纪玖两人，但只有吴思材到案，检察官讯后逮捕，并以吴思材涉嫌重大，向台北法院声请羁押。

　　台北检方在查扣涉案人吴思材的个人电脑与文件后，案情出现大转变。检方解读电脑档案发现，吴思材与金纪玖二名涉案中间人曾密集联系，重点谈论利益差额款项的分配；检方从诸多迹象高度怀疑，全案极可能是一宗“真诈财”的大骗局。

　　检方从吴思材的电子邮件数据中，发现吴与金纪玖之间的大量联系纪录，显示二人似乎对协助“建交”的兴趣不大，反倒是在款项处理部分洽商密切。

　　5月5日，由于爆出“金援外交”巨资遭侵吞的丑闻，卷入其中的台“行政院副院长”邱义仁提出退党声明，宣示退出民进党。

　　因吴思材4月25日被检察官拘提到案时，曾提供一份“黑名单”。台北检方搜索吴思材的住处，也查扣疑似注记交涉佣金打点人物的珍贵名单和相关电磁纪录。资料上面至少写有将近10名民进党党政高层人士及陈水扁主政时台当局高层官员的名单。这些民进党的党政人士依与权力核心亲密程度及在台政界的份量，分配新台币数收受数百万元到数千万元不等的回扣，甚至更多的抽佣款。

　　在此背景下，台北检方5月5日搜索“外交部长”黄志芳官邸，并分别传讯台“外交部亚太司”李传通与“外交部会计长”杨德川。办案人员发现本案决策过程迅速，拨款过程不合常理且急迫，疑似有官员从中收贿。

　　涉入本案的两名“外交掮客”之一吴思材同一时期召开记者会公开指控，原本“建交”所需的费用仅2000万元美元，但另一名关键人金纪玖擅自将金额提高到4000万，后来黄志芳将金援费砍到3000万，但他两次安排相关官员来台签约，黄志芳却不签“建交公报”。

　　吴思材当时也表示，金纪玖向他透露之所以要提高价码，主要是岛内还有许多人必须“打点”，后来金纪玖还给了他一张“list(明细单)”，声称有许多开销和其它费用，并把这张“list”交给检察官。

　　鉴于台当局金援弊案不断向上延烧，部分民进党“立委”5日将矛头指向陈水扁，呼吁陈水扁出面对弊案进行说明，否则社会对民进党不好的观感恐怕会加深，最后可能导致民进党毁灭。

　　虽有民进党人士矛头指向陈水扁，要陈水扁出面说明，但“护扁”的力道也很强，认为要扁出面者是在派系斗争。

　　5月6日，牵涉该案的台“行政院副院长”邱义仁、“外交部长”黄志芳双双宣布请辞获准。台检方也将邱义仁列贪渎被告并限制出境。

　　同日，陈水扁打破沉默对外表示，他“心中坦荡，既未主导、亦未参与执行”。他说，他对该案如今的演变发展、伤害形象“深感愧疚”，并向全民“道歉”。

　　5月7日，金援案当事人吴思材的委任律师透露该案中洗钱分配流程时表示，吴思材认为，钱是官员在拿，罪却往他的身上推；他感觉这是“情报头子”邱义仁在背后操纵，而且还在金纪玖共谋下拿最多，甚至黑吃黑。

　　台北检方侦办该案也有重大发现。根据导致前“行政院副院长”邱义仁从证人改列被告的涉案人吴思材提供的“行贿黑名单”，并非外传的1000万美元，而是以2000万美元为分配基础。

　　检方调查，这份“佣金金额分配表”当中，总共分配七人。其中，中间人金纪玖、吴思材各分得300万美元，台当局前高官邱义仁、柯承亨事成后，最高可各拿380万美元，黄志芳事成可分100万美元。

　　当时曝光的七人回扣名单，检方追查，由于“金援外交”原本计划款项2000万美元，经金纪玖开价拉高到4000万美元，但黄志芳已杀价成3000万美元，可使用回扣仅1000万美元，与2000万分配额有所出入，是本案突破的重点。

　　之后，台湾检调单位追查金援案10亿元新台币资金有新进展，发现涉案中间人吴思材与金纪玖在新加坡华侨银行开设的联名账户，曾连续两次共汇款300万美元到吴思材前妻的台湾账户。

　　检方查扣佣金分配表，在名单中邱义仁可分得300万美元，吴思材能拿到100万美元；但检调却查出吴思材前妻的台湾账户曾有300万美元从新加坡汇入的纪录，比100万美元多出200万。

　　台北检方掌握这些账证资料后，5月12日持续联系新加坡金融情报机关，希望新方提供金纪玖、吴思材联名账户往来资料，协助台方追查资金流向。

　　另外，岛内检调单位掌握到金纪玖位于美国宾州的住址，派员前往查访，但未发现金纪玖的行踪；调查人员透过当地的相关人士密切关注金纪玖的任何消息。

　　5月16日，金援案涉案人金纪玖透过律师将案件资料交给台检方特侦组，提供承办此案的台北检方参考。金纪玖在给检方的数据中，明确记载几笔较大的资金流向，也承认自己拿了“其中一大块”的资金。 　　

　　6月10日，台北检方冻结涉案人吴思材的账户资金，同时去函相关单位禁止吴思材位于台北市的两户不动产办理过户。

　　6月27日，台湾检调单位追查金援丑闻案调查涉案中间人吴思材有关账户，查出台当局外事部门汇款到新加坡3000万元美金的假“建交”款中，吴思材疑侵吞的金额超过600万美金，折合新台币2亿元。　

　　7月29日，台当局2007年决算审核报告直指，台“外交部”涉案相关预算使用违法且全案决策、处理过程没有风险管控，公款疑遭侵吞后恐“回收无望”，将全案报请台“监察院”处理。报告列出四大缺失，包括台“外交部”原编列亚太地区相关预算仅1.5亿元(新台币，下同)，但为了金援案，挪用其它预算经费近8.5亿元；“外交部”汇款给金援案中间人金纪玖、吴思材10亿元，没有风险控管机制等，且公款疑遭侵吞后，后续也没有循“外交”或法律途径处理。

　　8月20日，案情继续有发展。邱义仁坦承所涉与南太平洋某国“建交”案是他主导，但否认曾经收受佣金、涉及贪污等弊情。

　　台北检方同天也接获新加坡提供的涉案中间人金纪玖的账户、资金流向洗钱报告，针对弊案的海外洗钱部分已查到第四层。检方全面勾稽、比对，清查所涉“建交”款是否流入公务人员账户。

　　检方已厘清吴思材的资金流向。查出台“外交部”自“庆宁专户”汇入中间人金纪玖、吴思材在新加坡华侨银行联名账户内的二千九百八十万美元，其中有一千万美元汇入吴的私人账户，被吴侵吞。其余一千九百八十万则汇入金纪玖的私人账户，二人再层层转汇、洗钱。检方指派检察事务官全面勾稽异常资金流向。

　　9月25日，因涉入金援案从台湾潜逃的中间人金纪玖指称，台湾追讨的2980万美元已用在加强台湾对外关系，其中1000万美元是他担任陈水扁和刘泰英“密使”的费用。

　　10月13日，台北法院金援弊案，传前台外事部门负责人黄志芳等人作证，厘清涉案中间人吴思材被诉伪造文书犯行部分。全案定于10月23日宣判。